Inspehtori Niinivaaran erottua keskellä hullua vuotta 1968, valitsi osakunta uudeksi inspehtorikseen Iitistä kotoisin olevan kasvibiologian ja -patologian professorin Jaakko Mukulan. Vuodesta 1970 lähtien Mukula toimi Maatalouden tutkimuskeskuksen kasvinviljelyosaston johtajana. Tieteellisessä tutkimuksessaan Mukula erikoistui viljelyskasvien, kasvitautien ja rikkaruohojen tutkimukseen. Rauhallisen Mukulan johdolla KyO koki historiansa synkimmän vaiheen osakuntien pimeällä vuosikymmenellä.
Valta keskittyi ylioppilaskunnassa vasemmistolaistuneiden ainejärjestöjen ja poliittisten seurojen käsiin, jolloin kiistat Uuden ylioppilastalon tiloista alkoivat. 1970-luvun ensimmäisinä vuosina HYY korotti Uuden huoneistosta perittävät vuokrat moninkertaisiksi pyrkimyksenä savustaa osakunnat ulos talosta. Samaan aikaan yliopisto oli lopettanut osakuntien jäsenmaksujen kantamisen ylioppilaskunnan jäsenmaksujen ohessa ja OYV oli joutunut ottamaan asian hoitaakseen. Kasvavien vuokrakulujen edessä KyO päätyi muuttamaan sisarosakuntien KO:n ja WiO:n perässä Liisankadulta hankittuun huoneistoon vuonna 1972. KyO tyhjensi stipendirahastonsa ja keräsi lisäksi maakunnan kunnilta varoja lunastaakseen kolmanneksen huoneiston osakkeista itselleen. Muuton keskellä osakunnan hallinto ja toiminta olivat halvaantuneina, kun kuraattorin virka oli täyttämättä, taloudenhoitajaksi ei kukaan hakenut ja monia tehtäviä jouduttiin jättämään täyttämättä ja toimintaa alasajamaan. KyOssakin käytiin alkuaikoina poliittista kamppailua osakunnan sijoittumisesta vasemmisto-oikeisto akselilla, mutta KyO onnistui pysymään vapaana kommunistien ns. junttataktiikasta. Seurauksena tästä KyOllakin oli leimaaminen ylioppilaskunnan piirissä oikeistolaiseksi ja vanhoilliseksi järjestöksi.
Osakuntatoiminta sinnitteli säästöliekillä poliittisten vuosien aikana ja vuosijuhlatkin hiipuivat muiden akateemisten perinteiden mukana. Kotiseutututkimus kuitenkin jatkui läpi 1970-luvun osakunnan humanistien ja valtiotieteilijöiden voimin, samalla kun huoneiston jakaminen Karjalaisen ja Wiipurilaisen Osakunnan kanssa tiivisti KyOn välejä näihin kahteen osakuntaan. Huoneiston myötä perustettiin vuonna 1973 yhteistyöelimeksi Liisankadun Osakunnat, joka nykyisin kantaa nimeä Domus Gaudiumin Osakunnat (DGO) ja jonka hallituksena toimii huoneistotoimikunta (HTK). Mukulan kauden lopulla poliittinen virtaus ylioppilasliikkeessä alkoi hiipua vuoden 1968 sukupolven väistyessä yliopistomaailmasta ja uusien opiskelijapolvien suhtautuessa politiikkaan passiivisemmin, arvostaen yhdessäoloa politikointia enemmän. Osakunnan lähestyvät 50-vuotisjuhlat saivat aikaan toiminnan elpymistä monella saralla ja mm. vuonna 1977 itsenäisyyspäivän kulkueessa kärventynyt osakunnan lippu kyettiin Lohien tuella korvaamaan uudella.
